היישוב הקדום "קנה" מוזכר כבר במכתבי אל-עמארנה המתוארכים לאמצע המאה ה-14 לפני הספירה. בתקופת בית ראשון היה במקום יישוב יהודי, וכך גם בתקופת בית שני, כפי שעולה מכתביו של יוסף בן מתתיהו, שהתגורר בכפר וביצר אותו כששימש מושל הגליל בזמן המרד הגדול, וכן מממצאים ארכאולוגיים. לאחר חורבן בית שני, החל בתקופת האמוראים, ולאורך כל תקופת המשנה והתלמוד היה יישוב יהודי במקום, ולפי המסורת קבורים במקום רבא ורב הונא. עוד התיישבה במקום משמרת הכהנים "אלישיב". ליד היישוב נמצא קברו של רבן שמעון בן גמליאל. בתקופה הביזנטית החלו מתיישבים במקום גם נוצרים, וביישוב התגלו שרידי כנסייה מהמאה ה-6. מתחתיה התגלתה רצפת הפסיפס של בית כנסת מהמאה ה-4.היישוב מוזכר גם בימי הביניים כתחנת דרך בין מצרים לסוריה וכן במאה ה-16 כיישוב פורח ועשיר שבו בכפר בתי צביעה לאריגים. לפי המפקד הטורקי שנערך ב-1555 התגוררו ביישוב 65 משפחות יהודיות, חלקן יוצאי גירוש ספרד ו-375 משפחות נוצריות. ככל הנראה במאה ה-17 הגיע היישוב היהודי במקום לסופו. במאה ה-19 הוקמה הכנסייה הקתולית על חורבות הכנסייה העתיקה מהמאה ה-6 וכן הוקמה ביישוב כנסייה יוונית אורתודוקסית.
במלחמת העצמאות נלחמו תושבי הכפר נגד צה"ל, אך המקום נכבש ביולי 1948 במסגרת מבצע דקל.
היישוב מקום המדינה
לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה (הלמ"ס) נכון לסוף 2019, מתגוררים בכפר כנא 22,751 תושבים (מקום 96 בדירוג רשויות מקומיות בישראל). האוכלוסייה גדלה בקצב גידול שנתי של 1.6%. לפי נתוני הלמ"ס נכון לסוף 2018, לכפר כנא דירוג של 2 מתוך 10, במדד חברתי-כלכלי - אשכול לשנת 2015. אחוז הזכאים לתעודת בגרות מבין תלמידי כיתות י"ב בשנת ה'תשע"ח (2017-2018) היה 59.0%. השכר החודשי הממוצע של שכיר במשך שנת סוף 2016 היה 5,298 ש"ח (ממוצע ארצי: 9,388 ש"ח).[5] 88.5% מתושבי הכפר הם מוסלמים ו-11.5% הם נוצרים, אך בדומה למצב בכל רחבי ישראל, הולך וקטן חלקם של הנוצרים באוכלוסייה בהדרגה.
בכפר כנא אזור תעשייה המעסיק מאות פועלים מהעיירה ומהאזור, ובו מפעלים גדולים ויצרנים של מוצרים שונים כמו מפעל לדודי שמש וחשמל, מפעלי בלוקים, מפעלי צמיגים ושיש.
קבוצות הכדורגל המקומיות, מכבי כפר כנא והפועל כפר כנא, משחקות בליגה ב' בכדורגל. קבוצה מקומית אחרת היא בית"ר כפר כנא. עוד פועלת בכפר קבוצת איגרוף בשם "כפפות הזהב כפר כנא".
חברי הכנסת לשעבר ואסל טאהא ועבד אל-מאלכ דהאמשה מתגוררים ביישוב.
בשנים 2003–2004 פעלה באזור חוליית חופשיי הגליל אשר הייתה אחראית לרצח אולג שייחט. ברצח היו מעורבים שני תושבי הכפר.
בנובמבר 2014 נהרג אזרח תושב היישוב, ח'יר חמדאן, לאחר שנורה על ידי שוטרים. בעקבות כך פרצו הפגנות מחאה בכפר כנא ובמוקדים נוספים, ונערכה שביתת מחאה כללית ברשויות הערביות.
כפר כנא בנצרות
כפר כנא הוא האתר העיקרי המזוהה, בקרב חוקרים וצליינים מאז ימי הביניים, עם קנה הנזכרת בברית החדשה, שבה עשה ישו את הנס הראשון שלו. חוקרים אחרים מציעים במקום את חורבת קנה, מצפון לבקעת בית נטופה. בנס החתונה בקנה, הפך ישו מים ליין. בכפר שתי כנסיות סמוכות המנציחות את האירוע - כנסיית החתונה הקתולית-פרנציסקנית וכנסייה יוונית-אורתודוקסית. בכפר שלוש כנסיות נוספות: כנסיית בית ברתולומאוס השליח הפרנציסקנית, כנסיית רובע מלכיתית והכנסייה הבפטיסטית.
הכפר נזכר בברית החדשה פעמים נוספות. בפעם הראשונה כמקום בו נתבקש ישו לרפא את בנו החולה של אחד מפקידי המלך:
וַיָּבֹא יֵשׁוּעַ עוֹד הַפַּעַם אֶל־קָנָה אֲשֶׁר בַּגָּלִיל אֶל־מְקוֹם אֲשֶׁר שָׂם הַמַּיִם לְיָיִן וַיְהִי אִישׁ מֵעַבְדֵי הַמֶּלֶךְ וּבְנוֹ חֹלֶה בִּכְפַר־נַחוּם׃ וַיְהִי כְשָׁמְעוֹ כִּי־בָא יֵשׁוּעַ מִיהוּדָה לְאֶרֶץ הַגָּלִיל וַיֵּלֶךְ אֵלָיו וַיִּשְׁאַל מֵאִתּוֹ לָרֶדֶת וּלְרַפֵּא אֶת־בְּנוֹ כִּי נָטָה לָמוּת׃ וַיֹּאמֶר אֵלָיו יֵשׁוּעַ אִם־לֹא תִרְאוּ אֹתוֹת וּמוֹפְתִים לֹא תַאֲמִינוּ׃ וַיֹּאמֶר אֵלַיו הָאִישׁ אֲשֶׁר מֵעַבְדֵי הַמֶּלֶךְ אֲדֹנִי רְדָה־נָּא בְּטֶרֶם יָמוּת בְּנִי׃ וַיֹּאמֶר אֵלָיו יֵשׁוּעַ לֵךְ בִּנְךָ חָי וְהָאִישׁ הֶאֱמִין לַדָּבָר אֲשֶׁר־דִּבֶּר אֵלָיו יֵשׁוּעַ וַיֵּלַךְ".